В регионе довольно развиты речные перевозки, что связано с наличием крупной судоходной реки Волги. По территории Самарской области проходит Волжский участок Единой глубоководной системы Европейской части Российской Федерации - системы водных путей с гарантированными габаритами. В пределах региона расположены три речных порта. Совокупный объем отправляемых грузов водным транспортом составил в 2013 году 8,3 млн. тонн, в 2014 году - 9,3 млн. тонн, что является одним из наиболее высоких показателей среди регионов России. По территории региона также протекает несколько судоходных рек с негарантированными габаритами.
В Самарской области наблюдается низкий уровень обеспеченности потребностей региона в складских помещениях. Обеспеченность складами составляет 0,36 кв. м складов на 1 млн. рублей ВРП, что существенно ниже, чем в наиболее развитых регионах страны (рис. 52).