Процесс планирования целей и задач субъектов бюджетного планирования должен идти параллельно с бюджетным процессом и ведомственные целевые программы не являются единственно возможным механизмом планирования деятельности министерств и ведомств.
Однако отсутствие связи между плановыми и фактическими результатами деятельности министерств и ведомств является нормальным только на этапе становления этой системы, в ситуации, когда система целей, задач и показателей только формируется.
В ситуации, сложившейся в республике, инструмент программно-целевого бюджетирования в виде республиканских целевых программ идет по пути становления. Что касается разработки ведомственных целевых программ, то очень многие задачи можно решить в рамках полномочий одного ведомства. Таким образом, ведомственные целевые программы могут охватить большой объем бюджетных расходов и стать основой реального программно-целевого бюджетирования.