Вывоз рыбы, как одна из ключевых статей в себестоимости рыбной продукции, является одним из важнейших моментов, нуждающихся в проработке. Один и тот же вид рыбы может иметь различную рыночную стоимость в зависимости от места лова, сроков вылова и условий хранения.
Основная часть выловленной рыбы вывозится до мест реализации в зимнее время с установлением автозимника и осуществляется неспециализированным автотранспортом с привлечением частных автовладельцев. Другая значительная часть вылова вывозится в период открытой воды. Существующий пробел в перевозке, когда после ледостава еще не установлен автозимник и весенне-летнее время до начала судоходства, также негативно сказывается на динамичности поставок. Авиаперевозка в период отсутствия зимника и навигации значительно повышает стоимость рыбы.
В настоящее время перевозка рыбы внутри района практически полностью лежит на плечах самих рыбодобывающих хозяйств. Перевозка рыбы в летнее время до Якутска осуществляется всего двумя рефрижераторными судами "Мальчиков" и "Магдебург". Вышеупомянутые корабли ходят по реке Лена и заходят в устья остальных крупных рек. Существенным недостатком такой схемы является то, что необходимо по нескольку раз перетаривать добытую рыбу. В результате, это отрицательно сказывается на конечном качестве продукции. Основа вылова рыбы по открытой воде приурочена к относительно небольшому отрезку времени по всем северным рекам одновременно. Это осложняет задачу двум судам охватить все северные промысловые участки. В связи с этим, для решения проблемы, необходимо задействовать рефконтейнерные перевозки, используя попутные корабли Ленского речного пароходства и других судоходных компаний. В свою очередь, это позволит доставить высококачественную продукцию к местам сбыта и даст возможность снизить стоимость реализуемой продукции. Корабли, следующие из арктических районов, как правило, возвращаются порожними. Данная схема может частично загрузить корабли на их обратном пути.
Для достижения этой цели необходимо развивать экономические механизмы реализации данного направления. Определенный объем рефконтейнеров в республике имеется. Основная сложность в их эксплуатации заключается в отсутствии специалистов на местах. Как вариант решения проблемы предлагается создание предприятия, специализирующегося на холодильном оборудовании, специалисты которого могли бы курировать холодильное оборудование рыбной отрасли. Существует проблема, когда вышедшее из строя оборудование простаивает. Специалисты могли бы проводить их плановый ремонт, что позволит вернуть в оборот холодильную технику.
Рефконтейнерные перевозки также позволят более интенсивно осваивать малоценные виды рыб, такие как щука, окунь, елец, плотва, язь и другие. Запасы данных видов в значительной мере недоиспользуются. В зависимости от объемов добычи на участках устанавливаются различное по объему холодильное оборудование. Затем, по мере заморозки рыба переносится в ледники. После подхода кораблей с рефконтейнерами рыба грузится на них и перевозится до мест сбыта и глубокой переработки.