Селекционеры-зоотехники конных заводов и племенных репродукторов в своей селекционно-племенной работе применяют общепринятые методы под методическим руководством селекционного центра по породам лошадей.
Отбор проводится в три этапа: 1) по происхождению; 2) по продуктивности; 3) по качеству потомства; 4) по приспособительным качествам. Основная цель отбора - найти наиболее отвечающих к желательному типу лошадей для их широкого использования в качестве улучшателей породы. Для пород лошадей республики отбор является основным элементом селекционной работы. Общепринят отбор, проводимый при достижении молодняком 2,5-летнего возраста, так как только в этом возрасте достигается качественный отбор от многих особей для оценки (бонитировки) по происхождению, развитию, типу телосложения, продуктивности и приспособительным качествам. Оценка (бонитировка) воспроизводящего состава по качеству их потомства проводится при достижении их потомством 2,5-летнего возраста. Отбор лошадей на племенное использование проводится по результатам бонитировки лошадей. Первая бонитировка лошадей проводится в возрасте 2,5 лет, вторая - в возрасте 4,5 лет, а последняя - в возрасте 7,5 лет.
К желательному типу лошадей якутской, приленской и мегежекской пород относятся лошади с удлиненным корпусом, обладающие эйрисомным (широкотелым) и массивным типом телосложения, имеющие густую и длинную зимнюю шерсть.
До настоящего времени в большинстве хозяйств республики отбор лошадей проводился только во время отъема жеребят от кобыл в возрасте 5 - 7 месяцев, что противоречит существующим в племенном деле нормативным актам и тормозит и так зачаточное состояние развития племенного дела в республике, значительно снижает эффективность селекционной работы.
В племенных хозяйствах следует перейти на доращивание молодняка до 2,5-летнего возраста всего полученного приплода, за исключением жеребят поздней выжеребки.