В конезаводе имеются 5 высокопродуктивные линии лошадей мегежекской породы, составившие основу мегежекской породы:
1. Линия Хоройора 47 - 19, вор., 1957 г. р. (154 - 162 - 198 - 600). На сегодня представлена 25 жеребцами. Это - самая распространенная линия в породе. В хозяйстве из этой линии используются 61 кобыла. По данных последних бонитировок (1998 - 2005 г. г.) они по своим промерам и живой массе превосходят представительниц других линий.
2. Линия Нама 54 - 3, вор., 1954 г. р., (146 - 155 - 195 - 595) представлена 13 жеребцами-производителями и 56 кобылами. Представители этой линии продуцируют в двух отделениях хозяйства. По своим промерам и живой массе кобылы данной линии (56 голов) занимают второе место.
3. Линия Улахан Арагаса 67 - 12, сол., 1957 г. р., (148 - 156 - 186 - 540) представлена в Мальжагарском отделении, через трех его сыновей. Основной причиной тому является продажа лучших представителей линии в другие районы республики. В настоящее время в хозяйстве продуцируют 6 жеребцов-производителей и 53 кобылы, относящихся к данной линии.
4. Линия Мальжагара 62 - 36, игр., 1952 г. р. (144 - 150 - 181 - 495 кг). Эта линия является одной из самых многочисленных как по количеству мужских продолжателей, так и маточного поголовья. Линия широко представлена во всех трех отделениях хозяйства. По данным бонитировок линию представляют 14 жеребцов-производителей и 58 кобыл.
5. Линия Егорова 36 - 44, гнедой, 1952 г. р. (145 - 150 - 183 - 502 кг), представлена 14 жеребцами и 54 кобылами. Эта линия представлена во всех трех отделениях хозяйства.
Предусматривается дальнейшая работа по совершенствованию существующих линий, доращивание линейных жеребчиков до 1,5 и 2,5 лет, бонитировка и передача в племенные репродукторы.
Предусмотреть создание племенного репродуктора по мегежекской породе в Сунтарском улусе.
Все племенные хозяйства должны продолжить работы по формированию линий от выявленных и перспективных возможных родоначальников. Для этого следует систематически проводить оценку жеребцов по качеству потомства, осуществлять тщательный отбор молодняка и продуманный подбор пар.
Конным заводам необходимо иметь дочерние хозяйства, где можно было бы размножать часть потомства родоначальника формирующейся линии. В этом отношении более благополучными являются ОАО "Конный завод им. С. Васильева", "Алеко-Кюельский" и "Берте".