В селекционно-племенной работе в коневодстве важное значение имеет достоверность записи происхождения лошадей. Контроль достоверности происхождения племенных лошадей с помощью иммуногенетической экспертизы позволяет избавиться от возникающих ошибок в первичном учете.
Проведение генетической экспертизы во всех отраслях племенного животноводства закреплено в законодательных и нормативно-правовых документах. В соответствии с Федеральным законом "О племенном животноводстве" (1995) и приказами Минсельхоза России от 17 ноября 2006 г. N 402 и от 17 ноября 2011 г. N 431, племенные животные подлежат генетической сертификации. Для включения в государственный племенной регистр и получение видов племенной организации: "племенной завод", "племенной репродуктор" и "генофондное хозяйство", необходимо проведение генетической экспертизы племенной продукции. Генетическая экспертиза животного проводится только один раз.
Генетической экспертизе подлежат:
a) производящий состав, в том числе:
- жеребцы-производители;
- маточное поголовье.
b) молодняк.
Контроль происхождения исключает возможность использования на племя животного с ошибочно учтенным происхождением, предупреждая тем самым появление стихийного инбридинга с его нежелательными последствиями.
Животное имеет только те аллели, которые есть у его родителей. Выявление у потомков аллелей, отсутствующих у отца и матери, является основанием для исключения из родословной одного или обоих родителей.
Иммуногенетическая экспертиза лошадей позволяет оценивать внутрипородную генетическую структуру, создает возможность поддерживать достаточную генетическую гетерогенность и избегать инбредной депрессии, особенно в малочисленных популяциях. Наиболее часто при контроле происхождения у лошадей определяют наследственные варианты белков крови (трансферрина, альбумина) и фермента эстеразы. Это связано с относительно легкостью типирования по этим системам животных, однако, ныне практикуемый анализ только по двум белкам крови (трансферрину и альбумину) имеет достоверность всего около 50%, поэтому вызывает сомнения в правомочности применения этого анализа в установлении "достоверности" происхождения родителей и потомства.
Молекулярно-генетическая экспертиза на основе анализа полипептидно цепной реакции (ПЦР-анализа). Сейчас в республике апробирован более новый метод ПЦР-анализа по луковице волос лошади с достоверностью результатов анализа 75 - 80%.
Молекулярно-генетическая экспертиза на основе секвенирования 17 локусов микросателлитов ДНК. В практике сельскохозяйственной биологической науки республики пока не применяется секвенирование ДНК по 17 локусам микросателлитов ДНК с достоверностью до 100% и позволяющее использование генетических маркеров, сопряженных с продуктивными, адаптивными и приспособительными качествами лошадей.