Методологическим базисом концепции Программы являются взаимообусловленные и взаимодополняемые системно-деятельностный и аксиологический подходы.
Аксиологический подход трактует воспитание как процесс интериоризации (внутреннего присвоения) личностью общечеловеческих ценностей: добро, красота, познание, человек, жизнь, здоровье, Отечество, малая родина, семья, труд, природа, творчество. Ценности не ощущаемы, но они "просвечивают" в материальной, социальной и духовной сферах, в любой деятельности, являясь аксиологическим ядром культуры личности, культуры любого сообщества, культуры нации. Согласно аксиологическому подходу целью процесса воспитания является формирование ценностного отношения личности к себе, своей деятельности и к окружающему миру (миру людей, вещей, природы). Тщательное планирование стратегий развития воспитательной системы, тактических целей воспитательных мероприятий и оперативных задач воспитывающих ситуаций позволяет аксиологизировать (наполнить ценностями) процесс воспитания, создать условия для поиска обучающимися жизненных смыслов, выстраивания жизненных перспектив и выбора стратегий и системы личностных ценностных координат.
Системно-деятельностный подход, рассматривая личность как субъект собственной деятельности и собственного развития, противостоит догматической передаче нравственной информации и обезличенности воспитания. Личность формируется в самостоятельной, в том числе и нравственной, деятельности.
Воспитание - это процесс самостоятельной деятельности обучающегося, направленный на формирование отдельных качеств и личности в целом, на становление ее сознания, ядром которого являются ценностные ориентации. Педагог не только демонстрирует культурные образцы деятельности и модели поведения, но и создает условия для приобретения обучающимися жизненного опыта (общения, выбора, ответственного поведения, саморегуляции) и самостоятельной выработки жизненных ценностей. Он выступает в роли организатора системы воспитывающих ситуаций, в которых обучающийся является активным деятелем. Воспитание, таким образом, рассматривается как событийность детей и взрослых в системном процессе обучения, внеурочной воспитательной деятельности, внешкольной воспитательной работы. Основная педагогическая задача - организация условий, инициирующих нравственное действие обучающегося.