Механизм реализации Программы предусматривает отработку организационно-финансовых схем обеспечения системы мероприятий по развитию малого и среднего предпринимательства в соответствии с содержанием Программы.
Формирование программных мероприятий осуществляется разработчиком Программы на основании предложений государственных заказчиков.
Государственный заказчик-координатор Программы осуществляет экспертизу представленных предложений, проводит согласительные процедуры при наличии разногласий по отдельным мероприятиям и формирует перечень программных мероприятий на основе представленных предложений.
Неотъемлемым элементом механизма реализации Программы является ее мониторинг, осуществляемый с помощью проведения ежегодного анализа результатов реализации программных мероприятий.
Государственный заказчик-координатор Программы осуществляет координацию деятельности государственных заказчиков по подготовке и реализации программных мероприятий, а также по анализу и рациональному использованию средств федерального, республиканского бюджетов и внебюджетных источников.