Сокращенные названия, составленные из частей слов, пишутся с прописной буквы, если обозначают учреждения единичные (т.е. словосочетание в полном виде пишется с прописной буквы), и со строчной, если служат наименованиями родовыми: Гознак, Госдума, госкомитет.
Сокращенные условные названия организаций пишутся с прописной буквы в кавычках и не склоняются, если им предшествуют слова, такие как проектный институт, комбинат и т.п.: проектный институт "Алтайгражданпроект", муниципальное унитарное предприятие "Архитектура".
При отсутствии слов проектный институт, комбинат и т.п. их наименования пишутся без кавычек и склоняются: в Алтайгражданпроекте. Сокращенные смешанные названия единичных организаций (сложносокращенные слова в сочетании с буквенными аббревиатурами) пишутся с прописной буквы, слитно, без кавычек; причем буквенные аббревиатуры, которые принято писать прописными буквами, сохраняют написание как в начале, так и в середине или в конце сокращенного обозначения: НИИстройкерамика, ЦНИЭПсельстрой, ГипродорНИИ.