ЦУИ формируется на основе принципов проектного управления в формате проектного офиса с функциями координирующего и управляющего органа, осуществляющего также организационную, методологическую и консультационную поддержку исполнительных органов государственной власти республики.
Руководителем ЦУИ является Председатель Правительства Республики Саха (Якутия), что обеспечивает необходимую административную поддержку для инициации и реализации мер по внедрению изменений.
Организационная структура ЦУИ формируется в рамках действующей общей штатной численности органов государственной власти Республики Саха (Якутия) и включает в себя структурные и проектные подразделения исполнительных органов государственной власти и государственных учреждений Республики Саха (Якутия):
Департамент проектного управления (в структуре Администрации Главы Республики Саха (Якутия) и Правительства Республики Саха (Якутия));
Департамент стратегического управления (в структуре Министерства экономики Республики Саха (Якутия));
Департамент структурных преобразований (в структуре Министерства экономики Республики Саха (Якутия));
Департамент процессного управления (в структуре Администрации Главы Республики Саха (Якутия) и Правительства Республики Саха (Якутия));
Департамент кадровой политики, государственной и муниципальной службы (в структуре Администрации Главы Республики Саха (Якутия) и Правительства Республики Саха (Якутия));
Проектный офис корпоративных технологий и финансового мониторинга (при Министерстве имущественных и земельных отношений РС(Я));
Проектный офис цифровой трансформации (при Министерстве связи и информационных технологий Республики Саха (Якутия));
государственное автономное учреждение Республики Саха (Якутия) "Центр стратегических исследований Республики Саха (Якутия)" (подведомственное учреждение Министерства экономики Республики Саха (Якутия));
государственное автономное учреждение Республики Саха (Якутия) "Высшая школа инновационного менеджмента при Главе Республики Саха (Якутия)" (подведомственное учреждение Министерства образования и науки Республики Саха (Якутия)).
Научно-экспертное и информационно-аналитическое обеспечение ЦУИ в целях детализации и актуализации первоочередных задач ЦУИ и ситуационного мониторинга их реализации в рамках своих компетенций осуществляет государственное автономное учреждение Республики Саха (Якутия) "Центр стратегических исследований Республики Саха (Якутия)". По отдельным вопросам могут быть привлечены внешние эксперты.
Обучение сотрудников ЦУИ компетенциям по управлению изменениями выполняется на базе государственного бюджетного учреждения Республики Саха (Якутия) "Высшая школа инновационного менеджмента при Главе Республики Саха (Якутия)", также могут быть привлечены внешние эксперты и образовательные организации.