6.1. Министерство возглавляет Министр, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Главой Карачаево-Черкесской Республики по представлению Председателя Правительства Карачаево-Черкесской Республики по согласованию с федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере образования.
6.2. Министр имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Президиумом Правительства Карачаево-Черкесской Республики по представлению Министра образования и науки Карачаево-Черкесской Республики в соответствии с действующим законодательством.
6.3. В период временного отсутствия Министра (в связи с болезнью, командировкой и по другим обстоятельствам) его обязанности исполняет первый заместитель Министра. В случае его отсутствия обязанности Министра исполняет один из заместителей Министра. Заместитель Министра, на которого возложено исполнение обязанностей временно отсутствующего Министра, обладает правом подписи документов, правом решения иных текущих вопросов, возникающих в процессе деятельности Министерства.
6.4. Министр:
осуществляет руководство Министерством на основе единоначалия;
несет персональную ответственность:
за выполнение возложенных на Министерство задач и функций;
за состояние антикоррупционной работы в Министерстве;
согласовывает в установленном порядке проекты нормативных правовых актов Карачаево-Черкесской Республики по вопросам, входящим в компетенцию Министерства;
определяет функциональные обязанности начальников отделов, решает вопросы подбора и расстановки кадров, назначает на должность и освобождает от должности в установленном порядке работников Министерства;
издает в пределах своей компетенции приказы, распоряжения и дает указания, подлежащие обязательному исполнению работниками Министерства, подведомственных образовательных организаций, организаций, контролирует их исполнение;
утверждает в порядке, установленном законодательством Карачаево-Черкесской Республики, уставы подведомственных Министерству учреждений и организаций;
вносит Главе Карачаево-Черкесской Республики и в Правительство Карачаево-Черкесской Республики предложения по изменению численности и штатного расписания Министерства;
распределяет должностные обязанности между работниками Министерства, осуществляет контроль за их деятельностью, соблюдением трудовой исполнительской дисциплины, применяет к работникам Министерства в пределах своей компетенции меры дисциплинарного взыскания;