Калининградская железная дорога образована в 1992 году в границах бывшего Калининградского отделения Прибалтийской железной дороги.
В силу своего анклавного положения дорога не имеет общих границ с Российскими железными дорогами и в системе перевозок связана с железными дорогами Российской Федерации и государств СНГ через железные дороги Литовской Республики и Республики Беларусь. Перевозки осуществляются через сопредельные государства: Литовскую Республику по двум сухопутным пограничным переходам (Нестеров - Кибартай, Советск - Пагегяй) и Республику Польшу по трем пограничным переходам (Мамоново - Бранево, Багратионовск - Бартошице, Железнодорожный - Скандава).
Магистраль осуществляет тесное взаимодействие с портами, обслуживая 2 морских порта (торговый и рыбный), 4 терминала по перевалке нефтепродуктов (закрытое акционерное общество "Балт нафта", общество с ограниченной ответственностью "Хаб терминал", общество с ограниченной ответственностью "Лукойл-КНТ", закрытое акционерное общество "БНК") и 2 терминала по перевалке зерновых грузов.
Основной номенклатурой грузов, перевозимых по автомобильным дорогам, являются каменный уголь, кокс, нефтепродукты, черные металлы, химические и минеральные удобрения, строительные материалы и другие.
На сегодняшний день услугами Калининградского территориального центра фирменного транспортного обслуживания пользуются порядка 500 грузоотправителей и грузополучателей и 25 экспедиторских компаний, в том числе компании, осуществляющие международные перевозки.
В целях поддержки предприятий всех отраслей промышленности, ориентированных на перевозку грузов железнодорожным транспортом, открытое акционерное общество "Российские железные дороги" разработало комплекс антикризисных мер, направленных на максимальное упрощение планирования объемов перевозок грузов. Сокращены сроки согласования заявок грузоотправителей: до 2 суток - в прямом железнодорожном сообщении, до 3 суток - в прямом международном сообщении со странами СНГ и Балтии, до 5 суток - в международном сообщении с третьими странами, внедрен механизм разрешения погрузки грузов с отсрочкой провозных платежей по соответствующим банковским гарантиям. Расширяются возможности электронной системы ЭТРАН в сегменте удаленного взаимодействия грузоотправителя и железной дороги, включающего возможность формирования заявок на перевозку грузов, накладной с подписанием электронно-цифровой подписью.
Станция Калининград-Северный (Северный вокзал) обслуживает поезда, соединяющие Калининград с приморскими курортами области - Зеленоградск, Светлогорск и Пионерский.
От шести пассажирских платформ Южного вокзала отправляются поезда в города Российской Федерации: Москву, Санкт-Петербург, Мурманск, Анапу, Челябинск и в страны ближнего зарубежья: Республику Украину и Республику Беларусь. К одному из перронов вокзала подходит железнодорожный путь с европейской шириной колеи, куда прибывают поезда из Республики Польши и Федеративной Республики Германии.
Кассы дальнего следования оборудованы современной системой продажи билетов "Экспресс-3", с помощью которой пассажир может приобрести билет до любого города Российской Федерации и Европы.
Единовременная расчетная вместимость вокзала - 1650 пассажиров. Общая площадь здания - 15,3 тыс. кв. метров.
Калининградской железной дорогой ежегодно перевозится более 250 тыс. пассажиров поездами дальнего следования и более 2,5 млн. человек поездами пригородного сообщения.
Основные показатели Калининградской железной дороги - филиала открытого акционерного общества "Российские железные дороги" за 2016 год:
1) эксплуатационная длина - 668 км;
2) численность сотрудников - 3777 человек;