Важнейшим видом международного, внутриобластного и городского транспорта является автомобильный. В городе развита сеть автомобильных дорог с твердым покрытием, которые составляют 87,7% от общей площади улиц, проездов и набережных.
Автомобильный транспорт выполняет регулярные рейсы в города Республики Беларусь, Федеративной Республики Германии, в страны Балтии, Республики Польши, Чешской Республики и другие города Европы. Перевозка грузов на международных сообщениях осуществляется под контролем регионального представительства Ассоциации международных автомобильных перевозчиков.
Важнейшие автодороги, подходящие к городу:
1) А229 Калининград - Черняховск - литовская граница (на Минск). Часть E 28 и E 77;
2) А194 Калининград - Ладушкин - Мамоново - польская граница (на Эльблонг). Часть E 28 и E 77;
3) Калининград - Полесск - Большаково (далее в Советск);
4) Калининград - Зеленоградск (далее по Куршской косе на Ниду и Клайпеду);
5) Калининград - Переславское - Светлогорск;
6) Калининград - Приморск - Балтийск;
7) Калининград - Багратионовск - польская граница (далее в Ольштын).
Пограничные переходы для автомобильного транспорта:
1) с Литовской Республикой: Советск - Панемуне (по мосту королевы Луизы через Неман), Чернышевское - Кибартай, переход на Куршской косе: Куршская коса - Нида, Пограничный - Рамонишкяй;
2) с Республикой Польшей: Багратионовск - Безледы, Мамоново - Гроново, Мамоново-2 - Гжехотки, Гусев - Голдап.
Регулярные автобусные маршруты связывают Калининград с Республикой Беларусь, Литовской Республикой, Латвийской Республикой, Эстонской Республикой, Республикой Польшей и Федеративной Республикой Германией.