В результате структурной перестройки экономики, сопровождающейся ликвидацией убыточных и неэффективных производств, произошло сокращение численности рабочих мест в отраслях промышленности и сельского хозяйства (по кругу крупных предприятий и крестьянско-фермерских хозяйств). За период с 2000 по 2005 годы доля населения, занятого в материальном производстве, сократилась с 61,7 до 54,7 процентов от общей численности занятых в экономике. Соответственно, в непроизводственной сфере доля подобного населения возросла с 32,3 до 45,3 процентов - с учетом перетока трудовых ресурсов из производственных отраслей государственного и муниципального сектора в систему здравоохранения, образования, социального обеспечения и частный сектор.
Анализ структуры занятости по отраслям производства в Республике Алтай показал, что большая доля занятого населения работает в управлении и социальной сфере.
Как и в других регионах Российской Федерации, в Республике Алтай существует проблема "популяризации" высшего образования, что ведет к появлению на рынке труда невостребованных специалистов, таких как экономисты и юристы, испытывающих трудности с поиском рабочих мест. Экономические специальности становятся невостребованными как вследствие низкого качества образования, так и из-за того, что в республике ограничена их отрасль применения.
Также в республике ощущается недостаток кадров в сфере рабочих специальностей. Квалификация гидов и инструкторов вполне соответствует требованиям работодателей, в то время как качество подготовки специалистов по туризму, поваров, барменов, официантов, горничных остается на довольно низком уровне. Немаловажную роль играет при этом низкая мотивация к обучению этим специальностям. В результате возникает необходимость привлекать кадры из соседних субъектов.
Основная доля учащихся в учебных заведениях республики - из сельской местности. По окончании учебы большинство молодых специалистов предпочитают трудоустроиться на территории городов.
Такая ситуация способствует оттоку лиц трудоспособного возраста в соседние регионы, а также натурализации экономики.
Дисбаланс на рынке труда ведет к увеличению безработицы. Республика Алтай относится к числу регионов с повышенным уровнем общей безработицы как по сравнению с Сибирским федеральным округом, так и на общероссийском фоне. Свыше 50 процентов безработных не могут трудоустроиться более года. Кроме дисбаланса на рынке труда на рост безработицы в регионе влияет и тот факт, что численность населения трудоспособного возраста ежегодно увеличивается, а количество рабочих мест в республике в последние годы практически не меняется. Реальные масштабы этого явления недостаточно отражены статистикой, так как высокая доля занятых в сельском хозяйстве маскирует скрытую безработицу.