Научный потенциал республики характеризуется совокупностью экономических ресурсов - научно-образовательных, высококвалифицированных трудовых, финансовых, способствующих обеспечению экономического роста.
Научно-инновационную сферу Республики Алтай сегодня представляют Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Горно-Алтайский государственный университет", Научно-исследовательский институт алтаистики им. С.С.Суразакова, Горно-Алтайский научно-исследовательский институт сельского хозяйства - филиал ФГБНУ "Федеральный Алтайский научный центр агробиотехнологий", Автономное учреждение Республики Алтай "Алтайский региональный институт экологии", Горно-Алтайский филиал Института водных и экологических проблем СО РАН, Федеральное государственное бюджетное учреждение "Опытная станция Алтайское экспериментальное сельское хозяйство", Федеральное государственное бюджетное учреждение "Опытная станция "Горно-Алтайское", Горно-Алтайский ботанический сад - Алтайский филиал-стационар Центрального Сибирского ботанического сада СО РАН.
(в ред. Постановления Правительства Республики Алтай от 16.04.2020 N 136)
Научные исследования Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования "Горно-Алтайский государственный университет" преимущественно направлены на изучение природно-ресурсного потенциала в контексте изменений климата и возможностей использования, а также истории, культуры, социально-экономического развития Республики Алтай.
(в ред. Постановления Правительства Республики Алтай от 16.04.2020 N 136)
Лабораторией экологической генетики и селекции растений биолого-химического факультета Горно-Алтайского государственного университета выполняется испытание мировой коллекции ВИРа и сохранение мирового генофонда картофеля в условиях безвирусной зоны Горного Алтая.
В научно-исследовательском институте алтаистики им. С.С.Суразакова проводятся фундаментальные и прикладные исследования по алтайскому языку и литературе, истории, социологии, народному творчеству и археологии.
Предметом деятельности Горно-Алтайского научно-исследовательского института сельского хозяйства являются проблемы селекции животных, вопросы природопользования и ветеринарии.
Целью деятельности Алтайского регионального института является разработка программ по рекреационной деятельности сохранения экологического разнообразия Республики Алтай.
Горно-Алтайским ботаническим садом - филиалом Центрального Сибирского ботанического сада ведутся работы с редкими и исчезающими видами растений Алтая в естественных условиях и в культуре, по реинтродукции ценных лекарственных растений, редких и исчезающих видов растений Алтая в места обитания, откуда они выпали или находятся на грани исчезновения.
Отдел горного садоводства научно-исследовательского института садоводства Сибири им. М.А.Лисавенко занимается созданием и внедрением высокопродуктивных сортов и гибридов плодовых, ягодных и декоративных культур с повышенной адаптивностью к внешним условиям.
Таким образом, сфера деятельности научно-исследовательских и научно-образовательных организаций Республики Алтай сосредоточена на изучении вопросов функционирования и развития сельского хозяйства, природопользования, пищевой промышленности, сохранения природного богатства и культурного наследия республики.
Численность персонала, занятого научными исследованиями и разработками, в 2016 году составила 132 человека, из них 25 кандидатов наук и 4 доктора наук.
Малое число научно-исследовательских организаций и небольшой штат исследователей приводит к незначительным внутренним затратам на научные исследования и разработки: 91,6 млн руб. в 2016 году или 0,2 копейки на 1 рубль созданного ВРП. В структуре расходов основную долю занимают расходы на сельскохозяйственные науки (34,7%), естественные науки (26,7%). Ежегодно всеми научными организациями региона получается 1 - 2 патента на изобретения и полезные модели. Создание передовых технологий за последние 12 лет не наблюдалось. Объем инновационных товаров составляет 0,2% от общего объема отгруженных товаров (по России - 8,5%).