Среди регионов Сибирского федерального округа в республике один из самых высоких показатель уровня заболеваемости населения (зарегистрировано больных с диагнозом, установленным впервые в жизни, на 1000 человек населения). Основные причины - низкий уровень жизни и недостаточная работа по профилактике заболеваемости.
Основные проблемы в сфере здравоохранения Республики Алтай:
высокий уровень младенческой смертности;
высокий уровень потребления алкоголя населением республики;
высокий уровень смертности в трудоспособном возрасте;
инвалидизация населения;
высокая инфекционная заболеваемость населения;
недостаточное развитие профилактической медицины;
слабая ресурсная база муниципальной системы здравоохранения, особенно в сельской местности;
значительное ухудшение состояния здоровья сельского населения по сравнению с городским;
высокий уровень социальных заболеваний.
По результатам регионального мониторинга системы образования Российской Федерации, проведенного в 2006 году Высшей школой экономики, Республика Алтай имеет средний показатель только в кадровом потенциале образования.
Основные проблемы в сфере образования:
особенности системы расселения не позволяют обеспечить население образовательными организациями в полном объеме;