Сложившаяся в период первичной индустриализации структура организации отраслей (производств) на территории республики по своей сложности не соответствует все более усложняющемуся и сегментирующемуся рынку. Например, рынок сельскохозяйственной продукции дифференцируется на разные сегменты - товары, готовые к конечному потреблению ("быстро оборачиваемые"), и товары, которые необходимо подготовить для конечного потребления. Эти сегменты рынка по-разному организованы. Для них нужна различная инфраструктура, разные сервисные и поддерживающие отрасли. Эти рынки имеют разные масштабы, а потому требуют от участников различной организации. Иными словами, на данных рынках, в силу их качественной новизны, не могут действовать старые хозяйствующие субъекты. Сегментация рынка не является механическим разделением оборота товаров и требует появления новых участников.
Кластерный анализ экономики Республики Алтай показывает, что в настоящий момент целый пул отраслей (секторы, группы предприятий) по своей корпоративной организации и масштабам деятельности не соответствует или не в полной мере соответствует масштабам и степени сложности рынков.
Предприятия республики либо растут в целом ряде секторов экономики медленнее, чем рынок в целом, либо до сих пор ориентированы на стагнирующие рынки, что приводит к отставанию темпа развития республики от общих темпов роста экономики страны.