Программа предусматривает комплексное развитие отраслей и подотраслей АПК. Одновременно выделяются приоритеты двух уровней.
К приоритетам первого уровня относятся:
- в сфере производства - молочное скотоводство как подотрасль, использующая конкурентные преимущества, наличие генетического потенциала животных и площадей сельскохозяйственных угодий;
- в сфере развития производственного потенциала - введение в оборот неиспользуемой пашни;
- в экономической сфере - повышение доходов сельскохозяйственных товаропроизводителей;
- в социальной сфере - устойчивое развитие сельских территорий;
- в институциональной сфере - развитие кооперации, интеграционных связей в АПК;
в качестве важнейшего условия формирования инновационного АПК - кадровое и научное обеспечение.
К приоритетам второго уровня относятся:
развитие мясного скотоводства и овощеводства как импортозамещающих подотраслей;
обеспечение животноводства растительным кормовым белком;
экологическая безопасность сельскохозяйственной продукции и продовольствия;
минимизация логистических издержек и оптимизация других факторов, определяющих конкурентоспособность продукции с учетом специализации сельскохозяйственного производства и пищевой промышленности.