Подпрограмма определяет цель, задачи и основные направления развития водохозяйственного комплекса в целях сохранения водных экосистем и обеспечения защищенности населения и объектов экономики от негативного воздействия вод, механизмы реализации мероприятий подпрограммы, показатели (индикаторы) их результативности.
Оренбургская область является важным индустриально-аграрным регионом Российской Федерации, располагает ограниченными водными ресурсами. На одного жителя области приходится около 430 тыс. куб. метров воды, что значительно ниже средних показателей по Российской Федерации. Всего Оренбургская область располагает 12,6 куб. километрами воды в год, формирующимися речным стоком в средний год по водности.
Потенциальный ресурс поверхностных вод на территории Оренбургской области представлен бассейнами реки Урала с главными притоками Орь, Сакмара и Илек, которые формируют свой основной сток на территориях Республики Башкортостан, Республики Казахстан и Челябинской области, реки Самары (бассейн реки Волги) с притоками Большой Уран, Ток, Бузулук, Большой Кинель, которые формируют свой сток на территории Оренбургской области, реки Тобола (бассейн реки Иртыш). На бассейн реки Урала приходится 63,0 процента территории области, на бассейн реки Волги - 31,0 процента, на бассейн реки Тобола - 2,0 процента, бессточная зона (восток области) - 4,0 процента.
На территории Оренбургской области протекают 3492 водотока общей протяженностью 31584 километра, из них 23,3 процента - мельчайшие водотоки длиной менее 10 километров, 21,7 процента - самые малые реки длиной от 10 до 25 километров, 21,1 процента - малые реки длиной от 26 до 100 километров, 16,3 процента - средние реки длиной от 101 до 500 километров и 17,6 процента - большие реки длиной более 500 километров.
К большим рекам относятся реки: Урал, Сакмара, Илек, Самара, их суммарная протяженность в пределах области составляет 5549 километров.
Наибольшей по протяженности является река Урал, ее общая длина составляет 2428 километров, в границах Оренбургской области - 856 километров.
На территории Оренбургской области насчитывается 53 озера. Наиболее богат озерами юго-восточный Светлинский район.
За последние десятилетия обострились экологические проблемы, обусловленные мощным антропогенным воздействием на природные системы. Множество технических и социальных факторов приводят к количественным и качественным изменениям природных и техногенных систем, влекущих за собой изменения условий жизнедеятельности человека, как в природной среде, так и в социально-экономической сфере.
Многолетние наблюдения показывают, что качество вод поверхностных водных объектов Оренбургской области остается неудовлетворительным.