Управление и контроль за ходом реализации подпрограммы, а также за достижением ее ожидаемых результатов осуществляет Министерство здравоохранения Омской области.
Организация проведения работы по формированию отчетности о ходе реализации подпрограммы и оценки эффективности ее реализации осуществляется Министерством здравоохранения Омской области во взаимодействии с органами исполнительной власти Омской области, являющимися исполнителями основных мероприятий, исполнителями мероприятий, входящих в состав подпрограммы.
На основании данных исполнителей мероприятий исполнитель основного мероприятия формирует отчет о реализации основного мероприятия и проводит оценку эффективности реализации основного мероприятия за отчетный финансовый год. Сформированные отчеты о реализации основных мероприятий, а также результаты проведенной оценки эффективности их реализации направляются соисполнителю, который на их основе формирует отчет о реализации подпрограммы и проводит оценку эффективности ее реализации за отчетный финансовый год.