Недра Курганской области нуждаются в постоянном системном наблюдении и охране. Негативное воздействие на недра оказывают бесхозяйные, заброшенные, в том числе самоизливающиеся, скважины, в большом количестве оставшиеся после прекращения деятельности, прежде всего колхозов и совхозов, а также промышленных предприятий. Такие скважины истощают запасы и ресурсы подземных вод, в большинстве случаев питьевых подземных вод, создают реальную угрозу их загрязнения и заражения, нарушают окружающий ландшафт.
Мероприятия подпрограммы направлены на ликвидацию таких скважин, в том числе и за счет бюджета Курганской области.