Внешние транспортные связи Иркутской агломерации осуществляются через автомобильные дороги регионального или межмуниципального и федерального значения, а также с помощью водного, воздушного и железнодорожного транспорта.
Агломерация расположена на важнейших путях сообщения Восточной Сибири - Транссибирской железнодорожной магистрали.
Крупный аэропорт региональных и международных перевозок расположен в 8 км от центра г. Иркутска (фактически находится в черте города) и имеет транспортное сообщение с ближайшими соседями Иркутска - индустриальными центрами Ангарском и Шелеховом.
Наличие в г. Иркутске такой крупной водной артерии как р. Ангара и близость оз. Байкал исторически создало предпосылки для развития водных видов транспорта, но на сегодняшний день объемы пассажиро- и грузоперевозок речного транспорта значительно упали. Речной транспорт по обеим сторонам плотины гидроэлектростанции, не имеющей шлюзов для водного транспорта, представлен двумя речными вокзалами: вокзалом "Ракета", расположенным выше плотины для экскурсионных туров в сторону оз. Байкал, и речным вокзалом в центре города - для сообщения по р. Ангаре ниже плотины.
Отсутствие централизованных мест для временного хранения легковых автомобилей у мест приложения труда и объектов обслуживания в г. Иркутске приводит к перегрузке проезжих частей улиц автомобилями индивидуальных владельцев. Решение данной проблемы должно производиться за счет организации площадок для временного хранения транспорта (уличных или внеуличных) при наличии свободных территорий либо за счет строительства гаражей-стоянок (многоярусных, подземных, встроенных).
Грузовой транспорт создает дополнительную нагрузку на улично-дорожную сеть города, ухудшает условия проживания населения и оказывает негативное воздействие на окружающую среду.
В связи с этим проектные предложения в области развития дорожной сети Иркутской агломерации принимаются с условием обеспечения достаточного количества дублирующих и обходных направлений, способных полностью вывести грузовой транспорт за пределы территорий жилой застройки.