Организацию управления подпрограммой и контроль за ее исполнением осуществляет министерство сельского хозяйства.
Министерство сельского хозяйства для обеспечения мониторинга и анализа хода реализации подпрограммы организует ведение и представление ежеквартальной (за первый, второй и третий кварталы) и годовой отчетности.
Отчет о реализации подпрограммы за первое полугодие отчетного года представляется министерством сельского хозяйства одновременно в министерство экономического развития и инвестиционной политики Красноярского края и министерство финансов Красноярского края в срок не позднее 10 августа отчетного года, по итогам года - не позднее 1 марта года, следующего за отчетным.
По отдельным запросам министерства экономического развития и инвестиционной политики Красноярского края и министерства финансов Красноярского края ответственным исполнителем подпрограммы представляется дополнительная и (или) уточненная информация о ходе реализации подпрограммы.
Контроль за соблюдением получателями субсидий условий, целей и порядка, установленных при их предоставлении, осуществляет министерство сельского хозяйства.
Контроль за использованием средств краевого бюджета, в том числе межбюджетных трансфертов, контроль в части соблюдения получателями бюджетных средств условий договоров (соглашений) о предоставлении средств из краевого бюджета осуществляет служба финансово-экономического контроля и контроля в сфере закупок Красноярского края.
Внешний государственный финансовый контроль за использованием средств краевого бюджета на реализацию подпрограммы осуществляет Счетная палата Красноярского края.