Обслуживание пассажиров водным транспортом в пригородном сообщении не осуществляется. Протяженность внутренних водных путей на территории Республики Башкортостан составляет 954 км.
В Республике Башкортостан основными водными транспортными артериями являются реки Уфа, Белая, а также Павловское водохранилище, входящие в состав Камского бассейнового управления пути и в единую глубоководную систему внутренних водных путей Европейской части Российской Федерации.
Река Белая с судоходным притоком - рекой Уфой обеспечивает возможности выхода в Балтийское, Каспийское, Азовское и Черное моря. На реке Уфе существуют участки с негарантированными глубинами судовых ходов.
Длина судовых ходов рек на территории Республики Башкортостан с гарантированными глубинами от 1,7 до 4 м составляет 425 км или 46% от общей протяженности внутренних водных путей республики. Густота внутренних водных путей на территории Республики Башкортостан составляет 6,5 км на 1 тыс. кв. км территории, что на 10,2% выше, чем в среднем по Российской Федерации (5,9 км/1 тыс. кв. км).