Контроль над ходом реализации работ осуществляет департамент природных ресурсов администрации Магаданской области. В составе этого департамента создан отдел охраны окружающей среды, одним из направлений работы которого станут диспетчерские и контрольные функции. Расход средств будет контролировать финансовое управление Магаданской области и иные органы государственной власти Магаданской области в пределах полномочий и в установленном порядке.
Результаты природоохранных работ по итогам года до 20 декабря рассматривается на НТС департамента природных ресурсов по отчетам Исполнителей проектов, затем в обобщенном виде выносятся на рассмотрение Экологического совета. Рекомендации этого Совета будут учитываться при решениях финансирования отдельных работ по планируемым разделам.