В период с мая по октябрь по территории Магаданской области возможно судоходство по реке Колыме. Региональная особенность внутренних водных путей такова, что в связи с отсутствием грузовых и пассажирских речных судов, зарегистрированных в области, перевозки грузов осуществляются судами ОАО "Колымская судоходная компания", базирующейся в п. Зырянка Республики Саха (Якутия).
Для переработки груза в селе Колымское Среднеканского района имеется пристань, оснащенная погрузочно-разгрузочными кранами и складскими помещениями для хранения груза. Деятельность по переработке грузов осуществляет дочернее предприятие ОАО "Колымская судоходная компания" - "Пристань "Сеймчан". Перевозки пассажиров по водному пути не осуществляются.
В основном пристань используется для доставки угля Зырянского месторождения в Среднеканский район, а также для транспортной связи с морским торговым портом г. Магадана для доставки оборудования золотодобывающим предприятиям Среднеколымского улуса Республики Саха (Якутия).
Протяженность водного пути от п. Зырянка до с. Колымское составляет 610 км, из них по территории Магаданской области 381 км. Объем перевозок по этому пути (в летнее время) составляет 15-20 тыс. т в год.
Судоходство по реке Колыме зависит от ресурсов Колымского водохранилища. Обеспечение судоходных глубин на период навигации (131 день с 27 мая по 4 октября) [18] в маловодные годы приводит к потере выработки электроэнергии Колымской ГЭС и создает угрозу по условиям энергобезопасности Магаданской системы в зимний период. Перевозки грузов осуществляются по заявке судоходной компании в оговоренные сроки, в оговоренных объемах для обеспечения караванной проводки судов.