Развитие рыбохозяйственного комплекса - не только в Магаданской области, но и в стране в целом - сдерживается тем, что в течение последних лет, при отсутствии единого специализированного федерального органа, его правовое регулирование осуществлялось различными органами, которые зачастую принимали решения без учета специфики морского и прибрежного рыболовного промысла. В настоящее время накопившиеся несогласованности требуют устранения. Ниже перечислены основные проблемы правового регулирования отрасли, требующие решения на федеральном уровне:
1) Совершенствование правовых механизмов, направленных на создание благоприятных условий для переработки сырья на территории Российской Федерации и экспорта продукции высокой степени переработки;
2) Разработка с учетом предложений субъектов Российской Федерации мер государственной поддержки, направленных на возрождение промысла тюленей;
3) Освобождение от таможенных пошлин и НДС не производимого в России судового и технологического оборудования и запасных частей к нему;
4) Компенсация затрат по доставке рыбопродукции из Дальневосточного региона в Сибирь, на Урал и европейскую часть Российской Федерации железнодорожным транспортом;
5) Создание механизмов стимулирования строительства современного рыбопромыслового флота на российских судостроительных предприятиях.