При достаточно высоком проценте централизованного водоснабжения, который значительно выше среднероссийского, в Магаданской области практически отсутствуют водоочистные сооружения (имеются только в Ольском и Ягоднинском районах).
Большая часть населенных пунктов Магаданской области не имеет централизованного отвода сточных вод (11 поселков, 51 сельский населенный пункт) и утилизации бытовых отходов (схема 33). Многие используют выгребные ямы. Износ канализационных сетей в поселках городского типа: Оротукан, Дебин, и других - близок к 100%. Состояние системы утилизации бытовых отходов удовлетворительное. В то же время, такое положение опасно для экономического состояния области, ведет к снижению санитарно-гигиенических показателей.
Общая протяженность канализационных сетей составляет 343,6 км Пропускная способность имеющихся канализационных очистных сооружений (КОС) - 37 млн куб. м в год - достаточна для сбора и очистки всего объема стоков поселений Магаданской области (~ 21 млн куб. м), однако следует отметить, что пропускается через КОС только 1/2 стоков. Это объясняется тем, что все КОС размещены в г. Магадане, в районных центрах и относительно крупных поселениях. В остальных населенных пунктах отсутствуют не только канализационные очистные сооружения, но и сети канализации. Из существующих нуждаются в замене 42% канализационных сетей.
Администрацией Магаданской области предпринимаются шаги по усовершенствованию систем водоотведения с целью снижения уровня вредного воздействия сточных вод. В рамках мероприятий по обеспечению экологической безопасности вводится в эксплуатацию канализационный коллектор протяженностью 1800 пог. м в микрорайоне Нагаево, позволяющий ликвидировать выпуск неочищенных сточных вод в бухту Нагаева Охотского моря в объеме 10 тыс. куб. м в сутки.
С 2007 г. ведется строительство очистных сооружений биологической очистки сточных вод в г. Магадане.