Основной задачей по обеспечению таможенного контроля на территории Особой экономической зоны Магаданской области является организация пунктов пропуска - таможенных постов на границе с Республикой Саха (Якутия) и Чукотским АО. В перспективе, с реализацией межрегиональных транспортных коридоров, на территории области потребуется организация таможенных постов на границе с Хабаровским краем и Камчатским краем.
С целью обеспечению таможенного контроля на территории Особой экономической зоны Магаданской области предусматриваются следующие мероприятия (Таблица 18).