Управление реализацией Программы осуществляется на принципах партнерства государственных и кооперативных форм управления, сотрудничества и делегирования полномочий с широким привлечением кооперативных организаций, ассоциаций и союзов к реализации административных, контрольных функций, мониторингу и анализу выполнения Программы.
Организация управления Программой и контроль за ходом ее реализации осуществляется Министерством сельского хозяйства и продовольствия Республики Татарстан и Министерством экономики Республики Татарстан.