Внутренние вопросы деятельности Счетной палаты, распределение обязанностей между аудиторами Счетной палаты, функции и взаимодействие структурных подразделений аппарата Счетной палаты, порядок ведения дел, подготовки и проведения мероприятий всех видов и форм контрольной и иной деятельности определяются Регламентом Счетной палаты, утверждаемым Думой автономного округа.