Организационно-методическое управление реализацией мероприятий Программы осуществляет государственный заказчик и координатор в лице Министерства.
Министерство обеспечивает согласованные действия между отраслевыми министерствами и ведомствами по подготовке и реализации программных мероприятий.
Министерство представляет один раз в полугодие, до 20 числа месяца, следующего за отчетным полугодием, информацию о реализации мероприятий Программы в Минсельхоз России для системы автоматизированного сбора и анализа статистической информации АПК "Агростат".