Контроль за соблюдением условий расходования субсидий осуществляется Министерством образования и науки Российской Федерации.
Министерство образования и науки Республики Дагестан ежеквартально до 15-го числа месяца, следующего за отчетным кварталом, представляет в Министерство образования и науки Российской Федерации отчет об осуществлении расходов бюджета, источником финансового обеспечения которых является субсидия, и о достигнутых значениях показателей результативности предоставления субсидии по форме, утвержденной Министерством образования и науки Российской Федерации.