Контроль за выполнением Программы осуществляется Министерством сельского хозяйства и продовольствия Республики Бурятия, Комитетом по земельным ресурсам и землеустройству по Республике Бурятия, ГУ "Комитет Республики Бурятия по мелиорации и сельскохозяйственному водоснабжению", Комитетом природных ресурсов по Республике Бурятия, Центром госсанэпиднадзора в Республике Бурятия, главами администраций районов, в соответствии с земельным и природоохранным законодательством.