Отраслевая структура промышленности Республики Бурятия за период 2001 - 2005 годов претерпела определенные изменения. По масштабам производства отрасли могут быть расположены в следующем порядке: электроэнергетика, производство авиационной техники, ремонт железнодорожного подвижного состава, добыча золота, добыча угля, производство целлюлозы и картона, производство металлоконструкций, продукты переработки мяса (включая консервы), производство пиломатериала и пиловочника, производство алкогольной продукции, макаронных изделий, производство электронных и оптических приборов.
Большинство организаций обрабатывающих производств в Республике Бурятия, как правило, не имело вариантов альтернативной системы обеспечения материально-техническими ресурсами и каналов реализации продукции. В результате за годы реформ доля лесного комплекса сократилась с 7,4% до 4,2%, цветной металлургии с 11,9% до 10,9%. Совокупная доля легкой и пищевой промышленности в объеме промышленного производства снизилась с 11,7% в 2001 году до 7,5% в 2005 году. Практически без изменений остались позиции машиностроения - 30% от общего объема продукции промышленности. При этом электроэнергетика превысила уровень 1990 года на 36,6%, угольная промышленность - на 66,4%, производство продукции цветной металлургии увеличилось в 3,8 раза.
Не вышли на уровень 1990 года предприятия машиностроения и лесного комплекса. Утратили свои позиции легкая, пищевая промышленность и промышленность строительных материалов.