Для республики характерны исключительно суровые природные условия, низкий биоклиматический потенциал, ограничивающий возможности и эффективность аграрного сектора экономики, сложный рельеф - поверхность покрыта многочисленными горными хребтами и плоскогорьями - приводящий к фрагментарности территории.
Климат континентальный с холодной зимой - абсолютный минимум температур на большей части территории ниже -50 град. С - с большой амплитудой суточных и годовых температур.
Около 60% территории республики законодательством отнесено к местностям, приравненным к районам Крайнего Севера. Решение вполне объективное. Однако оно ведет к росту издержек в производственной и непроизводственной сферах и к снижению конкурентоспособности региона.
Особый уникальный естественный ресурс республики - озеро Байкал и прилегающая природная зона. Байкал содержит около 20% мировых запасов пресной воды, является естественным водохранилищем для ангарских ГЭС, сохранил рыбохозяйственное значение.
Вместе с тем "байкальский фактор" оказывает существенное ограничивающее влияние на ресурсный потенциал республики и ее экономику.
Для наиболее перспективной и привлекательной в природно-ресурсном отношении Байкальской природной территории установлены особые условия природопользования, наиболее жесткие для зоны, включающей Байкал и прибрежную водоохранную полосу.
Республика несет практически все издержки, связанные с выполнением природоохранных функций и ограничительных условий. По оценкам Байкальского института природопользования Сибирского отделения Российской академии наук (СО РАН), величина экологической нагрузки на республику достигает 10% ее ВРП.