Комитет по делам молодежи Правительства Республики Алтай осуществляет организацию, координацию и контроль работ по реализации Программы, обеспечивает контроль за целевым использованием средств. Выходит в Российский комитет по делам молодежи с утвержденными проектами и мероприятиями для финансирования за счет средств федерального бюджета.
Решение о финансировании конкретных проектов и мероприятий за счет средств республиканского бюджета принимается коллегиально, на конкурсной основе с учетом рекомендаций органов исполнительной власти по делам молодежи, заинтересованных министерств и ведомств, общественных организаций.