Означенная программа является целевой и имеет Республиканский статус. Ее основные положения и календарный план реализации обязателен для всех участников программы. Руководят программой ее куратор (1-й зам. министра Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Алтай) с двумя заместителями (нач. департамента животноводства МСХиП РА и директор ГАНИИСХ). Рабочим органом программы является Координационный Совет, членами Совета являются основные исполнители, которые назначаются в рабочем порядке. Совет проводит совещания периодичностью не менее раза в квартал, на котором рассматриваются текущие дела по реализации программы, вносятся коррективы в деятельность исполнителей, предпринимаются шаги по материально - техническому обеспечению программы. Совет ежегодно разрабатывает календарный план мероприятий, осуществляет контроль за его реализацией. По результатам годичной деятельности Совет совместно с исполнителями представляет на НТС Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Алтай отчет о реализации программы.
Научно - методическое обеспечение реализации программы осуществляет ГАНИИСХ.