Цель программы на основе консолидации усилий ученых Горно-Алтайского НИИ сельского хозяйства, специалистов департамента животноводства и племенного дела Минсельхозпрода РА, руководителей и специалистов хозяйств всех форм собственности, резервов финансовых и материальных ресурсов РА обеспечить сохранение генофонда наиболее ценных пород и линий сельскохозяйственных животных на достаточных уровнях численности и соответствующими племенными характеристиками стад.
Из общего числа племенных хозяйств контролю программы подлежат животные следующих пород и типов:
I. Крупный рогатый скот - Майминская ферма ОПХ "Чуйское" (400 коров); кр. хоз-во Кызыл-Озек (230 коров), разводящие племенных коров симментальской породы и помесей айрширского и голштинского скота; Озерная ферма Теньгинского ОПХ (100 коров); ТОО "Талица" (80 коров), разводящих племенной мясной скот казахской белоголовой породы, и Улус-Чергинская ферма АЭХ (200 коров), разводящая мясных коров галловейской породы.
II. Овцы - ОПХ "Теньгинское" (5200 овцематок), ТОО "Ябоган" (4300 овцематок), разводящие полутонкорунных овец шерстно - мясного типа; ДХО "Русь" Усть-Коксинского района (2700 маток), имеющая племенных полутонкорунных овец мясо - шерстного типа.
III. Козы - Племзавод - колхоз "Мухор-Тархата" (1300 козоматок); племхозяйство колхоз "Кызыл-Чолмон" (600 козоматок) Кош-Агачского района, разводящие племенных серых пуховых коз высокогорного заводского типа горно-алтайской породы; Агросоюз "Семинский" (300 козоматок) Шебалинского района; крестьянские хозяйства "Кайрал" (400 козоматок) и "Михаил" (400 козоматок) Онгудайского района, разводящие племенных белых пуховых коз создаваемого нового зонального типа горно-алтайской породы.
IV. Лошади - Племзавод "Кырлыкский" (420 конематок), племзавод "Амурский" (360 конематок) и племзавод "Беш-Озекский" (325 конематок), разводящие племенных лошадей новой создаваемой породы мясного направления.