Контроль за выполнением Программы возлагается на ее Заказчика - администрацию Усть-Коксинского района, которая взаимодействует с Министерством экономики Республики Алтай, Министерством финансов Республики Алтай, Министерством сельского хозяйства и продовольствия РА и другими республиканскими исполнительными органами и информирует Правительство Республики Алтай ежегодно о результатах реализации Программы.
Министерство экономики Республики Алтай координирует деятельность всех заинтересованных исполнителей, финансирование мероприятий Программы, привлечение внебюджетных средств.
Изменения в Программу согласно выработанным предложениям вносит Заказчик, Министерство экономики РА, Министерство финансов РА, Министерство сельского хозяйства и продовольствия РА. Данные корректировки отражаются в бюджетной заявке по финансированию Программы из республиканского бюджета на очередной год.