В настоящее время в сельском хозяйстве республики все большее развитие получает мараловодство. Ограниченные финансовые возможности мараловодческих хозяйств по расширению действующих маральников и дефицит пригодных земель приводят к чрезмерной нагрузке маралов на 1 га площади. В 1998 году в республике были начаты работы по мониторингу земель, занятых маральниками. В 1999 году эти работы были прекращены из-за отсутствия финансирования. Полученные промежуточные данные свидетельствуют о деградации растительного покрова в маральниках, а значит, и в необходимости продолжения мониторинга этих земель.
В Кош-Агачском районе республики на мелиорированных землях наблюдается вторичное их засоление. Причины, степень и интенсивность засоления этих земель пока не изучены. В 1995 - 1996 году работы по мониторингу этих земель были начаты, но в последующие годы были приостановлены по причине отсутствия финансирования. В связи с тем, что в Кош-Агачском районе возможно выращивание кормовых культур только на поливе, а возможности вовлечения в пашню новых земель практически нет, то мониторинг орошаемых земель необходимо продолжить. По результатам его необходимо определиться, как избежать засоления мелиорированных земель или же отказаться от мелиорации.
В рамках мероприятий по проведению мониторинга земель ежегодно планируется составление доклада о наличии и использовании земель в республике.