Государственным заказчиком, возглавляющим управление реализацией Программы, является Министерство труда и социального развития Республики Алтай.
Оперативное управление Программой (исполнительские функции) осуществляет Министерство труда и социального развития Республики Алтай.
Финансирование мероприятий по улучшению условий и охраны труда организаций республиканского подчинения осуществляется в пределах бюджетных ассигнований на основную деятельность, а также от административных штрафов, взыскиваемых Государственной инспекцией труда по Республике Алтай за нарушения законодательства о труде и об охране труда.
Информация о ходе выполнения мероприятий Программы заслушивается на заседаниях Межведомственной комиссии по охране труда, республиканской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений.