Основной целью программы является сохранение и развитие интеллектуального потенциала Горно-Алтайского государственного университета и привлечение его к решению основных социально-экономических проблем Республики Алтай. Внедрение и развитие на этой основе новых технологий и наукоемких производств, формирование единой научной, образовательной, инновационной инфраструктуры в современных условиях, сохранение и возрождение нравственности, духовности и национальной культуры народов Республики Алтай.
Основными задачами программы являются: реконструкция системы профессиональной подготовки и переподготовки кадров с высшим образованием в соответствии с потребностями региона в новых условиях; подготовка научно-педагогических кадров для университета, развитие материально-технической базы, научно-техническое обеспечение Республики Алтай, социальная защита и поддержка работников университета, аспирантов и студентов.