Управление реализацией программы осуществляется Правительством Республики Алтай, ректором Горно-Алтайского университета, директором профессионально-технического училища N 28.
В основу финансирования программы положен принцип множественности источников. В долевом финансировании на уровне республики участвует Правительство Республики Алтай.
На федеральном уровне программа финансируется Министерством образования Российской Федерации.
Университет направляет на реализацию программы часть внебюджетных средств, полученных от платных образовательных услуг.
Финансирование программы из перечисленных источников имеет адресность, определяемую характером работ и проектов, слагающих программу.
Структура и объемы финансирования программы определены на 2001 год и рассматриваются как базовые на последующие годы, с обязательной корректировкой в начале каждого календарного года, учитывающей возможность изменения содержания разделов и процессы инфляции.
Общая схема финансирования программ из основных источников представлена в приложениях.