Контроль за выполнением Программы возлагается на ее Заказчика - администрацию Улаганского района, которая взаимодействует с Министерством экономики РА, Министерством финансов РА, Министерством сельского хозяйства и продовольствия РА и др. республиканскими исполнительными органами и информирует Правительство РА ежегодно о результатах реализации Программы. Министерство экономики РА координирует деятельность всех заинтересованных исполнителей, финансирование мероприятий Программы, привлечение внебюджетных средств.
Изменения в программу согласно выработанным предложениям вносит Заказчик, Министерство экономики, Министерство финансов РА и Минсельхозпрод РА. Данные корректировки отражаются в бюджетной заявке по финансированию Программы из республиканского бюджета на очередной год.