Товарооборот на душу населения в районе значительно ниже, чем в целом по республике. Так, за 1999 год товарооборот на душу населения в Кош-Агачском районе составил 121 тыс. руб., в то время как в среднем по республике - 833 руб. Сказывается значительная удаленность района от экономически развитых центров, а также низкая платежеспособность населения. Объем платных услуг на одного жителя составил 123 руб. (21% от республиканского уровня).
Торговля - отрасль, которая целиком находится в частных руках, причем индивидуальных предпринимателей без образования юридического лица, что в целом сыграло положительную роль в обеспечении населения товарами. Именно в этой сфере сложилась высококонкурентная среда, заставляющая предпринимателей чутко реагировать на потребности покупателей. Так, например, в частных магазинах круглогодично в ассортименте продовольственных товаров есть свежие овощи, фрукты, колбасные изделия, сметана, яйца и даже мороженое. Усиление конкуренции заставляет предпринимателей не только работать над ассортиментом, но и повышать качество торгового обслуживания. Как недостаток в развитии торговли можно выделить отсутствие специализированных магазинов по торговле книгами, мебелью.
Жители района уже пользуются преимуществами пограничного расположения района, в районе действует приграничная торговля между жителями Кош-Агачского района и Монголии. Благодаря этому факту цены на непродовольственные товары значительно ниже, чем в республике и даже в других регионах. В настоящее время жители Улаганского, Онгудайского районов приезжают в Кош-Агач за дешевыми товарами. Необходимо содействовать частному капиталу в налаживании контактов с зарубежными партнерами из Китая, Монголии, Казахстана.