Природные условия, исторически сложившиеся навыки населения способствовали тому, что в районе традиционной отраслью сельского хозяйства является животноводство. Район был и остается одним из основных производителей животноводческой продукции.
Почти 40% сельхозугодий РА сконцентрировано в Кош-Агачском районе. Так, в 1999 году, по статистическим данным, в республике было 1200 тыс. га сельхозугодий, из них 460 тыс. га было в Кош-Агаче, причем 97% сельхозугодий района приходится на пастбища.
Вследствие этого район является крупнейшим производителем мяса, шерсти, пуха в республике. В 1991 году 25% овец, 15% коров, 43% коз по республике находилось в хозяйствах района.
Кроме овцеводства животноводы района занимаются разведением лошадей, коров, маралов. Кош-Агач - единственное место, где разводят верблюдов.
Кормовую базу сельского хозяйства района составляют естественные пастбища и орошаемые посевные площади, комбикорма. В настоящее время основой кормового рациона является сено с естественных пастбищ. Отсутствие финансирования, износ техники не позволяют проводить мелиоративные работы, что подрывает кормовую базу животноводства.