Кош-Агачский район располагается на юге Республики Алтай, занимает площадь 19862 кв. м. По размеру территории - это самый крупный район в республике, по численности населения район (16,6 тыс. чел.) занимает третье место в республике после таких районов, как Майминский (24,4 тыс. чел.) и Усть-Коксинский район (18,3).
Это самый отдаленный район республики, расстояние до Горно-Алтайска 465 км, до железнодорожной станции г. Бийска - 563 км. Такое местоположение района имеет ряд отрицательных последствий:
- повышение уровня заболеваемости и смертности из-за несвоевременного оказания медицинской помощи
- сдерживание развития культуры и образования
- сдерживание развития туризма
- снижение подвижности населения, развития малого бизнеса
- высокая себестоимость продукции из-за транспортных расходов
- повышенная зависимость района от ввоза необходимых продуктов питания извне
- недостаточное развитие производственной инфраструктуры, прежде всего связи и транспорта, тепло- и электроэнергетики.
С другой стороны, отдаленность и труднодоступность района имели положительные последствия в виде сохранности природы в первозданном виде, нетронутыми остались многие памятники природы, культуры, истории. Была сохранена флора и фауна района. Отдаленность способствовала сохранению самобытной культуры, языка, народов района. Все это служит важным фактором привлечения туристов, в том числе иностранных.
Район занимает выгодное геостратегическое положение, поскольку имеет общие границы с такими государствами, как: Китайская Народная Республика, Казахстан, Монголия. Имеет общие границы с Тывой.