По разнообразию и видам полезных ископаемых Чойский район занимает второе место в Республике Алтай после Кош-Агачского района. На территории района находятся месторождения полезных ископаемых, уникальных по своему значению не только в пределах республики, России, но и в целом в мире. Главными препятствиями в освоении полезных ископаемых района являются отдаленность и труднодоступность месторождений от основных промышленных центров, отсутствие железной дороги.
1. Благородные металлы.
Золото.
Добыча золота на территории Чойского района осуществляется ФГУП Рудник "Веселый", которым на протяжении 50 лет эксплуатируются золото-скарновые месторождения Синюхинского рудного поля: Синюхинское, Западное и Фаифановское. За этот период было добыто более 12 т металла, главным образом на месторождениях западной части рудного поля. Несмотря на то, что на балансе рудника числится 24,4 т металла, более половины из них, вследствие большой глубины залегания, в ближайшее время не могут быть отработаны. В 1991 году Горно-Алтайской ПСЭ разведано и передано на баланс рудника Фаифановское месторождение с запасами золота 10,7 т, в том числе около 3,0 т активных запасов категории С1, сосредоточенных в компактно расположенных и неглубоко залегающих рудных телах 1 и 2. Планируемая реконструкция рудника и увеличение мощностей предприятия до 500 - 1000 кг в год приведут к резкому сокращению срока (до 2 - 4 лет) обеспеченности предприятия разведанными запасами.
2. Нерудное сырье.
Волластонит.
В Чойском районе известно одно крупное проявление волластонита, другие названия дощатый шпат, вильнит, окенит, эдельфорсит, - минерал подкласса цепочных силикатов. Встречается в виде белых мучнистых скорлуповых агрегатов. Твердость - 5,5, плотность - 2,5 - 3,0 г\куб. см, температура плавления - 1540 С (для сравнения - у асбеста около 1500 С).
Добывается открытым способом. Содержание минерала в породе - от 20 до 80%. После обогащения получается концентрат с содержанием минерала 90 - 95%. Обогащение заключается в первичной магнитной или оптической сепарации, с последующей флотационной или пенно-струйной обработкой. Оборудование для переработки исходного сырья в целом аналогично тому, которое используется в цементной и асбестовой промышленности.