Климат района является резко континентальным, основными особенностями которого являются:
- резкие колебания температур сезонов года и даже в течение суток;
- короткий безморозный период;
- среднее количество осадков.
Максимальные температуры в июле +40, минимальные в январе - 44, ветры в основном северо-западного направления, осадков 800 - 1000 мм.
На территории Чойского района протекают реки бассейна Катуни (Иша) и Бии - река Саракокша с многочисленными притоками, главными из них являются река Уймень и Каракокша.
Южная часть Чойского района богата озерами. Болота занимают все низинные части района, долины рек: Иша, Саракокша, Кузя, Каракокша, Уймень.
Почвы горно-лесные бурые, горно-лесные темно-серые и серые оподзоленные на низкогорных участках, горно-луговые альпийские и субальпийские пойменные лугово-болотные и болотные.